Die Nachteile eines Franchise Systems liegen auf der Hand. Natürlich ist man als Franchisenehmer an einen Vertrag und damit an gewisse „Spielregeln” gebunden. Im Vergleich zu einem unabhängigen Selbstständigen verfügt man in einigen Bereichen über weniger unternehmerische Freiheiten. Außerdem hat man nur bedingt Einfluss auf die Entwicklung der Gesamtmarke: leidet das Image – zum Beispiel durch Skandale oder Fehlplanung – wirkt sich das natürlich auch auf den eigenen Store aus.

Zu guter Letzt müssen in den meisten Fällen regelmäßig Gebühren an den Franchisegeber gezahlt werden, von der Umsatzbeteiligung bis hin zum Beitrag für Werbung. Je nach Anbieter können diese Summen vergleichsweise hoch ausfallen.

Man sollte sich im Vorfeld entsprechend intensiv über seinen angehenden Franchisegeber informieren und sich die Frage stellen, ob man Teil eines starken Teams sein möchte, oder doch eher „Einzelkämpfer" ist.